Lupiini leviää tehokkaasti siemenistä, jotka säilyttävät itämiskykynsä pitkään. Sen hävittäminen on  hankalaa, sillä maaperän siemenvarastosta nousee uusia taimia useiden vuosien ajan. Lupiinin hävittäminen vaatiikin pitkäjänteisyyttä ja torjuntatyö vie vuosia.

Kukintojen niittäminen ennen siementen kypsymistä on keino estää uusien siemenien syntyminen ja niiden leviäminen. Säännöllinen niitto kasvin tyveltä myös heikentää väistämättä kasvin elinvoimaa ajan myötä. Etenkin laajoille kasvustoille niittäminen voi olla ainoa torjuntakeino. Niitto kannattaa tehdä alkukesästä parhaaseen kukinta-aikaan. Tärkeää on, että niittojätteet korjataan pois eikä niitä jätetä levälleen kasvupaikalle rehevöittämään maaperää.

Jos lupiineja on vähän, ne kannattaa kaivaa yksitellen juurineen ylös maasta. Monivuotisella lupiinilla on pystyjuurakko, eikä se onneksi leviä kasvullisesti rönsyjen avulla. Kaivamalla rikotaan maaperää ja siemenpankista itää uusia kasveja. Sen vuoksi kasveja ei saa kaivamalla heti hävitettyä.

Niitetyt lupiinit tai kukinnot voi laittaa kompostiin tai haravoida kasvupaikalla kasaan maatumaan. Peittämällä kasan tukevalla muovilla tai pressulla voi vielä varmistaa, etteivät kasvit jatka kehittymistä.

Vielä kypsyvät siemenet tunnistaa vihreistä paloista. Siemenet voivat kehittyä kypsiksi, vaikka kukinto olisikin katkaistu. Tällöin kukkavarret voi pistää muovisäkkiin mätänemään, jolloin siemenet eivät pääse kehittymään. Jos kasvi on jo siementänyt, niittäminen tai kukintojen katkominen on siltä kesältä myöhäistä. Kypsät palot taas tunnistaa siitä, että ne ovat ruskeita, auenneet ja siemenet ovat varisseet.

Torjuntatyötä on jatkettava useiden vuosien ajan, sillä maaperän siemenvarastosta itää uusia lupiininalkuja vuosienkin jälkeen.